Studi Interaksi Selulosa dengan Selulase dari Aspergillus niger, Trichoderma reseei, dan Bacillus subtilis secara In Silico

Mikroorganisme yang dapat menghasilkan selulase seperti Aspergillus niger, Trichoderma reseei, dan Bacillus subtilis dapat menghidrolisis selulosa menjadi glukosa. Molecular docking memiliki keunggulan dalam mempermudah riset biomolekular yang membutuhkan dana tidak terlalu besar, waktu yang relatif rendah dan mendapatkan hasil keakuratan data yang lebih tinggi. Molecular docking dengan metode in silico dilakukan dengan cara melakukan penambatan sebuah ligan pada bagian sisi aktif dari reseptor. Interaksi substrat selulosa dengan enzim selulase dapat diteliti dengan metode ini. Enzim selulase terdiri atas endoglukanase, eksoglukanase dan β-glukosidase. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nilai binding affinity dan interaksi antara selulosa dengan sellulase dengan metode in silico. Tahapan pada penelitian ini meliputi : preparasi ligan, preparasi protein reseptor, penambatan molecular (Molecular Docking), dan visualisasi hasil docking. Program in silico yang digunakan PyRx dan PyMOL untuk mendapatkan nilai binding affinity dan untuk memvisualisasikan interaksi ikatan ligan-reseptor menggunakan LigPlot+. Dari hasil penelitian menunjukkan bahwa dari 6 data protein reseptor yang diuji untuk docking, Trichoderma reseei pada enzim exoglukanase memiliki nilai binding affinity paling rendah sebesar -7,9 kcal/mol. Dari hasil penelitian dry lab metode molecular docking dibandingkan dengan penelitian wet lab pada uji aktivitas enzim selulase. Terdapat korelasi aktivitas terbaik selulase pada Trichoderma reseei.